Terra di confine, vero ponte sul Mediterraneo, il territorio del Salento si presenta come un ecosistema ricco e variegato. La natura pianeggiante del terreno, l'influenza dei due mari che lo bagnano, il carsismo e un complesso intreccio di fattori climatici hanno favorito lo sviluppo di biotopi differenti, con elevati valori di biodiversità.
Tale realtà ha portato alla nascita di una serie di aree, oasi e parchi protetti.

Costa da Otranto a S. Maria di Leuca : area naturale protetta , estensione circa 80km.

Si tratta di una costa caratterizzata da alte falesie quasi incontaminate. La natura carsica del territorio ha dato origine a grotte e anfratti naturali terrestri e marini, presso i quali trova riparo una vivacissima e diversificata fauna endemica. Di notevole importanza paleontologica e paletnologica sono alcune grotte, quali la celeberrima Grotta dei Cervi (un santuario del Neolitico), la Grotta Romanelli e la Grotta Zinzulusa.

Laghi Alimini : area naturale protetta ; estensione circa 1005ha.

I Laghi Alimini sono costituiti da due laghi di origine diversa. Alimini Piccolo o Fontanelle è di origine carsica, determinata dallo sprofondamento di un sistema di risorgive con acque dolci. Alimini Grande è una laguna, originata dalla chiusura di un seno marino. La zona circostante è caratterizzata da fitte pinete con rarissime formazioni di quercia spinosa, lembi di gariga ed estesi cordoni dunali, presso i quali cresce la rara erica pugliese. La zona dei Laghi Alimini è l'unica stazione pugliese dell'endemica camomilla di Otranto.

Le Cesine : riserva naturale statale, oasi del WWF ; estensione circa 350ha.

L'oasi prende il nome dalla Masseria le Cesine, attualmente Centro Visita di questa importante zona umida d'importanza internazionale (ai sensi della Convenzione di Ramsar, 1971). Gli stagni delle Cesine sono separati dal mare da un sottile cordone dunale, mentre pinete d'Aleppo, zone a macchia mediterranea e praterie di orchidee completano il quadro di questo interessante biotopo, punto di riferimento delle specie migratorie.

Porto Selvaggio- Torre Uluzzo : parco naturale regionale ; estensione circa 425ha.

Il nome deriva dalla selvaggia bellezza di questa baia naturale affacciata sul Golfo di Taranto. Alte falesie che sprofondano in un mare cristallino ricco di vita, forti correnti e sorgenti sottomarine, fondali mozzafiato, i colori e i profumi della macchia mediterranea costituiscono un habitat unico e affascinante. Antiche torri di avvistamento sottolineano l'incanto del posto.

Altre aree.

Boschetto di Tricase : area naturale protetta.

Stazione relitta di Quercia Vallonea.

Duna costiera e Palude del Conte : area naturale protetta .

Fascia costiera e area umida retrodunale.

Isola di S.Andrea- litorale di Punta Pizzo : area naturale protetta .

Diversificato e ben conservato tratto costiero caratterizzato da zone umide, gariga e dune. L'isola, l'unica colonia di gabbiano corso dello Ionio, ha restituito reperti archeologici notevoli.

Palude del Capitano : area naturale protetta .

Notevole zona costiera umida con risorgive carsiche.

Palude e Bosco di Rauccio- Sorgenti Idume : area naturale protetta .

Bosco di lecci circondato da acquitrini, stagni retrodunali risorgive carsiche.

Porto Cesareo : area naturale marina .

Tratto di litorale ionico con fascia marina di notevole interesse.

San Cataldo : riserva naturale biogenetica ; estensione circa 28ha.