Secondo il Maselli, il toponimo deriverebbe da Cultus Jani perché in epoca romani nelle vicinanze del centro abitato, ci sarebbe stata una selva in cui si adorava il dio Giano. Un'altra ipotesi è che derivi dal termine Cutrubbi che è il modo di chiamare dei recipienti in creta che venivano realizzati in loco. Dal 1270 al 1473 fece parte della contea di Soleto sotto i d'Enghien e gli Orsini del Balzo. Più tardi divenne possedimento dei Filomarini che la ressero con il titolo di duchi. Personaggi importanti nati a Cutrofiano furono il Maratti, insigne medico e filosofo, al sacerdote storico e archeologo Maselli, oltre all'apprezzato scultore Domenico Miccoli.